Les IJSS au titre d'une ALD (Affection Longue Durée) ont la particularité de ne pas être imposables.
Source : Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié

Extrait :

"Les indemnités journalières sont également soumises à l'impôt sur le revenu, 
sauf celles qui sont versées pour des arrêts de travail en rapport une affection de longue durée exonérante."

Saisie dans le logiciel 

Pour saisir les IJSS versées au titre d'une ALD :

1. Saisissez l’arrêt de travail comme d’habitude via Absences > Liste des arrêts de travail.
2. Saisissez les IJSS via Bulletins > Saisie des éléments > Évaluation des IJSS et indemnisation des absences.
3. Toujours dans Bulletins > Saisie des éléments, cliquez sur le bouton Calculer.
4. Déployez le groupe Prélèvement à la source.
5. Les variables suivantes sont renseignées automatiquement :
   • Nombre d'IJSS Maladie subrogées soumises au PAS (pour les 60 premiers jours d'arrêt)
   • IJSS maladie soumises au prélèvement à la source (pour les 60 premiers jours d'arrêt)
6. Pour les IJJS au titre d’une ALD exonérante, effacez les montants présents dans ces variables.
   Ainsi, elles n’impacteront pas le net imposable.
7. Cliquez sur le bouton Enregistrer.